frupps
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Zu deinen Frage:

1) Nein, völlig egal auf welchem System du das machst
2) Die CF-Karte muss Primary Master sein, wenn ich mich nicht täusche!
3) Sollte egal sein, ich habe es bei meinem vorne und hinten ausprobiert, hat beides funktioniert.
Sicherer sollte aber hinten sein.
4) Einfach die Einstellungen so lassen, wie sie sind. Brauchst nichts umstellen, nur die Partitionsgröße ändern und speichern. Welches Dateisystem genutzt wird weiß ich nicht aus dem Kopf.

Die Daten müssen auf dem USB Stick sein und dieser muss dauerhaft eingesteckt sein.
Du brauchst nichts auf die CF-Karte zu schreiben, dort wird das Projekt etc. gespeichert.